孔府制藥設有完整的質量管理組織架構，由企業負責人負總責，設有質量保證和質量控制部門，由質量管理負責人直接領導，部門崗位職責明確，質量管理人員數量與藥品生產規模相適應，實現了全員全覆蓋質量管控，確保質量管理系統的有效運行。

質量管理體系：孔府制藥嚴格按照國家藥品GMP管理規范，建立了完善的質量管理體系，包含六大系統：質量保證系統、質量控制系統、生產系統、設施及設備系統、物料系統、包裝標簽系統，全過程全方位保證藥品質量，保障消費者用藥安全有效。